堆肥过程主要靠微生物的作用进行,微生物是堆肥发酵的主体。参与堆肥的微生物有两个来源:一是有机废弃物里面原有的大量微生物;另一是人工加入的微生物接种剂。这些菌种在一定条件下对某些有机废物具有较强的分解能力,具有活性强、繁殖快、分解有机物迅速等特点,能加速堆肥反应的进程,缩短堆肥反应的时间。
堆肥一般分为好氧堆肥和厌氧堆肥两种。好氧堆肥是在有氧情况下的有机物料分解过程,其代谢产物主要是二氧化碳、水和热;厌氧堆肥是在无氧条件下有机物料的分解过程,厌氧分解后的代谢产物是甲烷、二氧化碳和许多低分子量的中间产物,如有机酸等。参与堆肥过程的主要微生物种类是细 菌、真 菌以及放线菌。这3种微生物都有中温菌和高温菌。堆肥过程中微生物的种群随温度的变化发生如下的交替变化:低、中温菌群为主转变为中高温菌群为主,中高温菌群为主转化为中低温菌群。随着堆肥时间的延长,细 菌逐渐减少,放线菌逐渐增多,霉菌和酵母菌在堆肥的末期显着减少。