冬季,尤其在冰雪覆盖和土壤冻结地区施用畜禽粪便有机肥,其中的肥料营养会长时间留在土壤表层,很容易被融化的雪水或春季雨水冲离土壤表面而进入临近水体,因此应避免冬季施肥。夏季,即使畜禽粪便可深施至0.46米以下,作物快速吸收也无法完全避免臭气,夏季施用臭气较大。秋季,施用粪肥同样存在氨气挥发问题,而且硝酸盐向地表水渗漏的风险较大。春季,在作物种植之前施用或者在土壤排干后施肥,植物吸收的养分量大,环境污染小。由于我国南北气温差别较大,春季种植作物的时间也稍有差别,各地应根据当地具体农时确定畜禽粪便有机肥施用时间范围(雨天和土壤太湿的日子除外),以确保在作物种植之前完成畜禽粪便的施用。